Bilharcjoza występowała w Egipcie na przestrzeni całego okresu historii państwa. Powoduje ją zakażenie organizmu przez jaja przywry Bilharzia haematobia. Przywry znajdowały doskonałe warunki bytowania i rozmnażania w ciepłych, stojących wodach egipskich kanałów. Dorosła przywra umiejscawia się w pęcherzu moczowym lub nerkach. Osoba zarażona cierpi na wysoką temperaturę, bóle głowy i krwiomocz. Zakażenie prowadzi do zwapnienia pęcherza moczowego i ogólnego wyniszczenia organizmu. Zwapniałe jaja bilharcji znaleziono w nerkach Nachta, dziesięcioletniego chłopca i u wielu innych. Co ciekawe, paleopatologiczne badania nad bilharcjozą stały się częścią egipskiego, współczesnego programu walki z tą prawdziwą plagą egipską.

 Kolejną plagą egipską była pylica płuc, która rozwija się u osób oddychających przez długi czas powietrzem zawierającym pył i kurz. Do najczęstszych pylic należą: krzemica, pylica węglowa i pylica wapniowa. W przypadku krzemicy dochodzi do zmian w narządzie wzroku i górnych drogach oddechowych. Pylica rozwija się przez wiele lat, prowadząc do nasilającej się duszności i kaszlu. Stopniowo choroba nabiera charakteru wyniszczającego, prowadząc do rozedmy płuc oraz niewydolności oddechowej i krążeniowej.

 Pylicę płuc stwierdzono podczas badania mumii Nacht-ancha. W jego tkankach płucnych stwierdzono obecność krystalicznych struktur (krzemionki). Ponadto stwierdzono, że na krótko przed śmiercią chorował on na zapalenie płuc. Na sarkofagu Nacht-ancha jest umieszczona inskrypcja która mówi, że był on za życia kamieniarzem. Tak więc w jego przypadku dane histopatologiczne i archeologiczne znakomicie się uzupełniły. Pylicę stwierdzono również u mumii PUM II. Badania tkanek płuc mumii prowadzą do postawienia jednej z diagnoz: zapalenia płuc, rozedmy, obrzęku płuc, a także stwierdzają obecność osadu węglowego (wynik używania otwartego ognia do oświetlania i gotowania) i prątków gruźlicy.

Choroby odwirusowe reprezentowane są przez trąd i chorobę Heinego-Medina. Trąd (lepra) jest chorobą zakaźną skóry i nerwów wywołaną przez prątek Mycobakterium leprae. Choroba charakteryzuje się dużym zniszczeniem tkanek. Prowadzi do utraty palców rąk, stóp, zniekształceń twarzy i ślepoty. Zakażenie następuje przez długotrwały kontakt osobisty w złych warunkach higienicznych. Cztery przypadki trądu zostały znalezione w Oazie Dahla. W zniszczonych i obrabowanych grobowcach z Okresu Ptolemejskiego znaleziono cztery czaszki mężczyzn w wieku 30 lat, 55-60, 70-75 i 75-80 w chwili śmierci. We wszystkich przypadkach zmiany chorobowe dotyczyły podniebienia twardego z perforacją do jamy nosowej. Ponadto odnaleziono zmiany chorobowe na pewnej liczbie kości palców, pochodzących ze zniszczonych szkieletów. Trąd zawsze wzbudzał przerażenie w ludziach. W przypadku Oazy Dahla sprawa przypadków trądu wykracza poza samą paleopatologię. Podczas badań  mieszkańców Oazy podzielono pod względem antropologicznym na reprezentujących „wariant biały” i „wariant czarny”. Przy czym stali mieszkańcy oazy należeli do „wariantu czarnego”, natomiast przedstawiciele „wariantu białego” byli reprezentantami elementu napływowego, ptolemejskich elit i przedstawicieli rządu. Ponieważ przypadki trądu dotyczyły czterech mężczyzn - przedstawicieli „wariantu białego” postawiono interesującą hipotezę. Czterech dostojników chorych na trąd zostało wysłanych, aby sprawować swój urząd w dalekiej oazie, separując ich jednocześnie (w pewnym stopniu) od zdrowego, egipskiego społeczeństwa. Eliminacja chorych na trąd ze społeczeństwa zdrowych, ma bardzo długą tradycję.

Porażenie dziecięce, czyli choroba Heinego - Medina, jest chorobą zakaźną, wywoływaną przez wirusy. Atakuje przede wszystkim układ nerwowy, zwykle komórki ruchowe przednich rogów rdzenia kręgowego. Porażeniu ulegają najczęściej pojedyńcze mięśnie kończyn, szczególnie kończyn dolnych. Powoduje to zaburzenia równowagi przy staniu lub chodzeniu. Najlepiej znanym przypadkiem mumii z tą chorobą, jest mumia faraona Siptaha, który ma zdeformowaną lewą stopę. W przypadku Siptaha deformację tę tłumaczy się również jako rezultat porażenia mózgowego (krwotoku do mózgu lub opon mózgowych powstały podczas porodu) lub urazu okołoporodowego.

Ze starożytnego Egiptu znane są również przypadki wad wrodzonych. Pojęcie wady wrodzonej obejmuje nieprawidłowości anatomiczne oraz nabyte w życiu płodowym zniekształcenia. Może dotyczyć różnych wad i różnych narządów. Niektóre wady są tak ciężkie, że obarczone nimi dziecko albo rodzi się martwe, albo umiera wkrótce po urodzeniu. Szczególnie ciężkie są wady wrodzone układu nerwowego i wady serca. Mogą one być niebezpieczne dla życia.

Rozszczep kręgosłupa jest ciężką wadą wrodzoną, polegającą na niezamknięciu się kanału kręgowego w wyniku zaburzeń rozwojowych cewy moczowej. Często towarzyszy mu porażenie kończyn oraz mięśni pęcherza i odbytu. Może również występować wodogłowie. W grobie Tutanchamona, znalezione zostały dwa zmumifikowane, żeńskie płody. Jeden urodzony prawdopodobnie w 5 miesiącu ciąży, drugi prawdopodobnie w siódmym. Nie można określić czy zostały martwo urodzone, czy też zmarły wkrótce po porodzie. U płodu siedmiomiesięcznego stwierdzono rozszczepienie kręgosłupa. Dziecko ponadto miało wypchniętą łopatkę i skoliozę.

Na cmentarzysku w Abydos znaleziony został pochówek dziecka, datowany na I Okres Przejściowy. Dziecko to było obarczone rzadką wadą wrodzoną - chorobą Albersa i Schonberga - marmurowatością kości. Jest to wrodzona wada o nieznanej etiologii, występująca sporadycznie, często w tej samej rodzinie. Zmienione chorobowo kości mają małą ilość substancji organicznych, z przewagą składników mineralnych, przez co łatwiej ulegają złamaniom. Wśród symptomów znajdują się: złamania, infekcje, ślepota, głuchota, porażenia kończyn.

Wodogłowie jest wadą polegającą na nadmiernym gromadzeniu się w komorach mózgu płynu mózgowo-rdzeniowego. Wodogłowie bywa nabyte (np. po przebytym zapaleniu mózgu) lub wrodzone (na skutek wad rozwojowych lub chorób układu nerwowego, mających miejsce w okresie płodowym). W przypadku wodogłowia wrodzonego następuje znaczne powiększenie rozmiarów czaszki, niedowład lub porażenie kończyn, opóźnienia w rozwoju umysłowym i ślepota na skutek zaników nerwów wzrokowych. Młody Egipcjanin, żyjący prawdopodobnie w Okresie Rzymskiego, miał twarz normalnych rozmiarów, natomiast pojemność mózgoczaszki wynosiła 2900 cm. Jest to niemal dwukrotnie więcej, niż wynosi średnia pojemność (1450-1649 cm3).

Kręcz szyi został jak dotąd stwierdzony w jedynym przypadku mumii z Birmingham, datowanej na Okres Grecko-Rzymski. Kręcz szyi powstaje w okresie życia płodowego lub jest wynikiem urazu okołoporodowego. Polega na skróceniu mięśnia mostkowo-obojczykowo-sutkowego. W wyniku tego głowa jest pochylona w stronę skrócenia, a twarz w stronę przeciwną. W przypadkach nieleczonych (a z takim tu mamy do czynienia) kręczowi szyi towarzyszy asymetria twarzy.

Czymś zupełnie wyjątkowym w historii cywilizacji jest stosunek Egipcjan do karłów. W większości kultur, i to po czasy współczesne, stosunek do kalek był pełen okrucieństwa. Fizyczna ułomność była „grzechem” lub „karą za grzechy”. Z okresu Starego Państwa mamy szereg rzeźb przedstawiających ludzi chorych, jak np. figurka wapienna karła Chnum-hotepa. W sztuce egipskiej mamy również przykłady rzeźb przedstawiających karła wraz z rodziną. Jest tak w przypadku karła Seneba z żoną nie będącą karlicą, oraz dwojgiem dzieci, również zdrowych, o normalnych proporcjach ciała.

Niewątpliwie takie traktowanie karłów miało związek z religią. W jednej z Nauk mówi się wręcz: „nie wyśmiewaj się z karła”. Ludyczny Bes o kształtach karła, tańcem uszczęśliwiał bogów i ludzi. Opiekował się także kobietami podczas ciąży i porodu. Przedstawienia tego uszczęśliwiającego boga często umieszczano na łożach czy uchwytach lusterek. „Re jest karłem, który jest w Heliopolis, tym małym, którego nogi są między niebem i ziemią.” Funkcję ochronną pełni Bes namalowany na winietach Księgi Umarłych, a także jako karzeł „z wielką twarzą, długimi plecami i krótkimi biodrami” siedzący w kucki na przedzie barki słonecznej.  Zmarłe dzieci były oddawanie Besowi pod opiekę, o czym świadczą cztery wizerunki Besa umieszczone na sarkofagu z III Okresu Przejściowego, zawierającego zmumifikowane płody. Karłowatość jest chorobą genetyczną, spowodowaną mutacją pojedynczego genu. Osoby nią dotknięte cechuje niski wzrost i zaburzenia proporcji ciała. Z reguły są to osoby intelektualnie sprawne. U chorych występuje: skrócenie długości kończyn (głównie ud i przedramion), duża głowa z zapadniętą nasadą nosa, krótka szyja, krótkopalczastość, kolano szpotawe i przykurcze w stawach. Biorąc pod uwagę ilość przedstawień karłów w egipskiej sztuce, musiała to być choroba dość często spotykana w różnych, w tym również w wyższych warstwach egipskiego społeczeństwa. Natomiast szczątki karłów są niezwykle rzadkie. Karłowate szczątki znalezione zostały w grobie króla Dżera (I Dynastia) i króla Merseka (wczesny Okres Dynastyczny). W tym ostatnim przypadku doskonale zachowana czaszka demonstruje typowe cechy achondroplazji (duża głowa z zapadniętą nasadą nosa).

Bardzo ciekawymi przypadkami są w Egipcie neuropatologie, związane z chorobami ośrodkowego i obwodowego układu nerwowego. Do objawów problemów z układem nerwowym można zaliczyć: porażenia mięśni, niedowłady, zaniki mięśni, afazje (zaburzenia mowy), tiki nerwowe (mimowolne ruchy np. kończyn, głowy, mięśni twarzy). Problemy neurologiczne mogą wiązać się z konkretną chorobą (np. padaczką lub chorobą Heinego - Medina) lub być następstwem urazów (np. urazów czaszki).